Transcurridos un poco menos de 20 años desde la creación del Departamento de Caldas, en mayo de 1943, nace la Universidad de Caldas mediante la Ordenanza Nro. 6.  Su origen, (en un principio se llamó Universidad Popular) fue el fruto de un largo proceso que se inició desde las primeras décadas del siglo pasado, cuando se creó la Escuela de Bellas Artes “ante el afán de conservar la cultura, cultivando lo bello y autóctono…”. 
La visión de la Universidad Popular en sus inicios fue la de ofrecer enseñanza secundaria y comercial, enseñanza técnica e industrial, formar peritos agrícolas y pecuarios y fomentar las Bellas Artes.  Una enseñanza para la época, sin duda, pertinente. 
Iniciada la década del 60, ya con una oferta académica orientada más a programas profesionales, (medicina, derecho, veterinaria, agronomía, entre otros), se transforma en Universidad de Caldas. 
También por esos años se fragmentó el Departamento de Caldas; esa circunstancia dolorosa sumada a la crisis económica derivada de un bajón en los precios del café, hizo inevitable la nacionalización de la Universidad. Este fue un punto de inflexión que marcó sin duda una antes y un después en la vida institucional del alma máter. Ya nacionalizada inicia un trasiego que la ha traído a ser una de las más aventajadas instituciones de educación superior del país, y a tener, de acuerdo con mediciones internacionales, (QS World University Rankings) una destacada posición a nivel internacional. 
La historia de la Universidad de Caldas ha devenido paralela a las grandes transformaciones del conocimiento, la ciencia y la cultura, y sobre todo a lo que hay se llama propósitos de formación. Fue la primera universidad colombiana en asumir los retos derivados de la nueva concepción sobre autonomía consagrada en la Constitución de 1991 y en desarrollo de las normas legales que se desprendieron de ese mismo texto, fue también la primera universidad del país en acreditar un programa, el de enfermería, lo que le desbrozó el camino para ser una de las primeras en lograr la certificación de calidad con la acreditación institucional.
A mediados de la década del 90 y después de profundas reflexiones de sus actores académicos más consagrados, se reformó su estructura académica, pasando ella de ser una organizada a partir de programas-facultad, a otra que, a la luz del pensamiento de Karl Popper, según el cual, “la ciencia nace donde se cruzan  las disciplinas”, hiciera posible la conjunción de diferentes áreas del saber en Centros que, agregados, constituyeran las facultades alrededor de las cuales concurrirían las distintas carreras u ofertas profesionales.  
La nueva estructura catapultó la investigación, le dio profundo contenido a la extensión, dinamizó la oferta académica y le permitió una inserción más edificante en el entorno internacional.
En medio de todo y sobre todo, la Universidad de Caldas ha estado anclada al entorno regional; no ha vivido impasible los momentos más aciagos del acontecer nacional e internacional; al contrario, ha militado y se ha movilizado con clara conciencia crítica, fijando posiciones y orientando con solvencia intelectual los debates y las confrontaciones ideológicas cuando ha sido menester.   
Llega la Universidad de Caldas a la cumbre de sus 80 años cargada de méritos, reconocimientos y compromisos. Manizales y Caldas deben buena parte de su fisonomía cultural, académica, intelectual, política, social y empresarial a esta Institución.
77 grupos de investigación, 182 investigadores, más de 200 semilleros de investigación, integrados en su mayoría por estudiantes de pregrado, 8 centros e institutos, también dedicados a tareas científicas, y 7 revistas indexadas,  nos dicen de unas capacidades investigativas muy potentes que ya trascienden la enseña de la Universidad, “lumina spargo”, esparcir conocimiento,  para ir  más allá, y    atender el desafío de crear conocimiento nuevo, correr las fronteras de la ciencia y contribuir a la inserción de  nuestra sociedad regional y nacional, en la modernidad. Siete patentes concedidas y 19 en trámite, dan cuenta de esta realidad esperanzadora.